1-10- پری بیوتیک­ها.. 14

1-11- باکتری­های بی­هوازی احیاکننده سولفات.. 15

1-12- نقش باکتری­های احیا کننده سولفات در طبیعت.. 15

1-13- نقش باکتری­های احیا کننده سولفات در صنعت نفت.. 16

1-14- خوردگی میکروبی.. 16

1-15- واکنش­های احیای ترموشیمیایی سولفات.. 17

1-16- سیستم­های آلوده به SRB.. 17

1-17- اهداف، فرضیات و پرسش اصلی پژوهش.. 18

1-17-1 اهداف اصلی.. 18

1-17-2 اهداف اختصاصی.. 18

1-17-3 اهداف کاربردی.. 18

1-17-4 فرضیات پژوهش.. 18

1-17-5 پرسش اصلی پژوهش.. 18

فصل دوم:پیشینه پژوهش

2-1- پژوهش­های انجام گرفته در سطح جهان.. 20

2-2- پژوهش­های انجام گرفته در ایران.. 23

فصل سوم:روش شناسی تحقیق

3-1- مواد و روش کار.. 25

3-2- محیط کشت مورد نیاز.. 26

3-3- انتخاب بیماران مورد نظر برای نمونه­برداری.. 26

3-4- ارزیابی تاثیر آنتی بیوتیک ها برروی باکتری­های SRB.. 30

3-4-1 آنتی بیوتیک کلیندامایسین.. 30

3-4-2 آنتی بیوتیک جنتامایسین.. 31

3-4-3 آنتی بیوتیک مترونیدازول.. 31

3-5- ارزیابی خواص ضدمیکروبی آنتی بیوتیک­ها بر باکتری­های SRB مثبت 32

3-6- تعیین هویت مولکولی باکتری­های SRB مثبت.. 33

3-7- آنالیز آماری.. 33

 

 

فصل چهارم:نتایج یافته های تحقیق

4-1- مقدمه.. 35

4-2- تجزیه و تحلیل نتایج جمعیت شناختی.. 35

4-2-1 جنسیت.. 36

4-2-2 سن.. 37

4-2-3 میزان تحصیلات.. 38

4-2-4 میزان درآمد.. 39

4-3- ارزیابی فرضیات پژوهش.. 40

4-3-1 فرضیه اول.. 40

4-3-2 فرضیه دوم.. 43

4-3-3 فرضیه سوم.. 45

4-3-4 فرضیه چهارم.. 47

4-3-5 فرضیه پنجم.. 48

4-3-6 فرضیه ششم.. 50

4-4- نتایج آزمایش PCR.. 54

.. 54

4-4-2 تأیید PCR ژن16S rRNA.. 55

4-4-3 توالی تعیین ترادف شده قطعه 16S rRNA.. 56

4-4-4 آنالیز فیلوژنتیکی.. 57

فصل پنجم:بحث و نتیجه گیری

5-1- بحث.. 63

5-2- نتیجه گیری.. 67

5-3- پیشنهادات.. 67

منابع و مآخذ.. 68

فهرست منابع فارسی.. 68

فهرست منابع انگلیسی.. 70

چکیده انگلیسی.. 73

 

 

 

 

 

 

فهرست جداول

عنوان شماره صفحه

جدول 3-1: پرسشنامه مورد استفاده در این پژوهش. 25

جدول 3-2: ترکیبات محیط کشت API 26

جدول 3-3: خصوصیات بالینی افراد انتخاب شده برای نمونه­برداری 28

جدول 4-1: توزیع فراوانی و افراد بر حسب جنسیت. 36

جدول 4-2: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب گروههای سنی. 37

جدول 4-3: توزیع فراوانی و در پاسخ دهندگان بر حسب میزان تحصیلات 38

جدول 4-4: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب میزان درآمد 39

جدول 4-5: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب گروه های سنی و بیماری 40

جدول 4-6: ضریب همبستگی متغیرهای سن افراد و بیماری. 42

جدول 4-7: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس درامد و بیماری 43

جدول 4-8: ضریب همبستگی متغیرهای سن افراد و بیماری. 44

جدول 4-9: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری 45

جدول 4-10: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس جنسیت و سابقه مصرف آنتی­بیوتیک. 47

جدول 4-11: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه سنی و تحصیلات 48

جدول 4-12: ضریب همبستگی متغیرهای تحصیلات افراد و بیماری 49

جدول 4-13: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه های سنی وتاثیر آنتی­بیوتیک­ها. 50

جدول 4-14: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی. 51

جدول 4-15: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی جنتامایسین 52

جدول 4-16: ضریب همبستگی متغیرهای سن و تاثیر داروی مترونیدازول 53

 

 

 

 

فهرست نمودارها

عنوان شماره صفحه

نمودار 4-1: فراوانی و نسبت افراد مورد پژوهش بر حسب جنس 36

نمودار 4-2: توزیع درصد نمونه آماری افراد برحسب سن. 36

نمودار 4-3: فراوانی افراد مورد پژوهش بر حسب میزان تحصیلات 38

نمودار 4-4: توزیع در صد نمونه آماری افراد بر حسب میزان درآمد 39

نمودار 4-5: نمودار توافقی سن و بیماری آپاندیسیت. 41

نمودار 4-6: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس آپاندیسیت 41

نمودار 4-7: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس درامد و بیماری 43

نمودار 4-8: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری آپاندیسیت. 46

نمودار 4-9: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس سابقه بیماری و بیماری عفونت روده. 46

نمودار 4-10: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس جنسیت و سابقه مصرف آنتی­بیوتیک. 47

نمودار 4-11: فراوانی افراد مورد پژوهش بر اساس گروه سنی و تحصیلات 48

نمودا 4-12: ارزیابی تاثیر کیفی داروی کلیندامایسین بر باکتری­های احیا کننده سولفات جدا شده از گروه­های سنی. 51

نمودار 4-13: ارزیابی تاثیر کیفی داروی جنتامایسین بر باکتری های احیا کننده سولفات جدا شده از گروه های سنی. 52

نمودار 4-14: ارزیابی تاثیر کیفی داروی مترونیدازول بر باکتری­های احیا کننده سولفات جدا شده از گروه­های سنی. 53

 

 

 

فهرست شکل ها

عنوان شماره صفحه

شکل 1-1: آپاندیس ملتهب و متورم (آپاندیسیت).. 6

شکل 1-2: فلور طبیعی روده.. 10

شکل 3-1: مرحله جداکردن زائده آپاندیس.. 27

شکل 3-2: تلقیح باکتری­های SRB)) به محیط مایع API. 30

شکل 3-3: تاثیر آنتی بیوتیک­ها بر رشد باکتری های SRB.. 32

شکل 4-1: تصویر الکتروفورز حاصل از DNA استخراج شده از باکتری. 54

شکل 4-2: تصویر الکتروفورز حاصل از تکثیر ژن 16S rRNA باکتری. 55

 

 

 

چکیده

باکتری­های احیا کننده سولفات (SRB) گروه بزرگی از میکروارگانیسم­های بی­هوازی هستند که نقش بسیار مهمی در بسیاری از فرآیندهای بیوژئوشیمیایی ایفا می­کنند. این پژوهش با هدف شناسایی وتعیین هویت مولکولی باکتری­های احیا کننده سولفات و نقش آن­ها در عفونت­های روده بزرگ و آپاندیسیت در شهر کرمان انجام شد. روش کار: این پژوهش به صورت مقطعی-توصیفی در سال 1391 تا 1392 بر روی 50 بیمار مراجعه کننده به بیمارستان­های مختلف شهر کرمان انجام شد. تمامی افراد مورد بررسی دارای مشکلات عفونت روده بزرگ ویا آپاندیسیت بودند. در بین این افراد نمونه­گیری از حفره شکم و روده ی بزرگ انجام شد. سپس نمونه­های تهیه شده به محیط کشت اختصاصی API تلقیح و 2 ماه در دمای 35 درجه سانتی گراد گرماگذاری شدند. سپس نمونه­های مثبت پس از کشت مجدد در محیط جامد اختصاصیSRB ، برای خالص سازی بیشتر به محیط جدید API منتقل گردید. شناسایی مولکولی جدایه ها با استفاده از پرایمر یونیورسال 16s rRNA و مقاومت آنتی بیوتیکی صورت گرفت. از مجموع نمونه­های مورد پژوهش از6 مورد (12%) نمونه­های مشکوک به SRB جداسازی گردید. اما با روش مولکولی در4 مورد (8%) باکتری های احیا کننده سولفات شناسایی شد. بیشترین گونه ی باکتری­های (SRB) مربوط به سویهDesulfovibrio pigerبود. همچنین بین جداسازی باکتری­های SRB، سن و میزان تحصیلات افراد ارتباط معنی­داری مشاهده شد مناسب­ترین آنتی­بیوتیک برای حذف باکتری­های SRB کلیندامایسین شناسایی شد. با توجه به نقش احتمالی باکتری­های SRB در ایجاد سرطان کلون و عفونت­های روده­ای، ضرورت انجام پژوهش­های تکمیلی و پایش مداوم بالینی در جمعیت­های گسترده تر و ارزیابی نقش بیوسایدها وآنتی­بیوتیک­ها در حذف این باکتری­ها وجود دارد.

واژگان کلیدی:باکتری­های احیا کننده سولفات، عفونت­های روده بزرگ، 16s rRNA

مقدمه

باکتری­های احیا کننده سولفات SRB به طور وسیعی در اقیانوس، آب­های شیرین، لجن­ها پراکنده­اند. این باکتری­ها از سولفات به عنوان پذیرنده نهایی الکترون استفاده و سولفید هیدروژن تولید می­نمایند. تا اکنون 14 جنس از این گروه باکتری­ها شناخته شده که به جز دسولفونما ویبرو تمامی آن­ها گرم منفی می­باشند. یک جنس از این باکتری­ها به نام دسولفوویبرو می­تواند در هنگام تکثیر فعال خود بیش از 10 گرم در لیتر سولفید هیدروژن تولید نماید (آبیارد 1382، 12-11؛ ;Geneva 2001, 157 Collette 1999, 198 ).

اسپرم………………………………………………………………………………………………………………19

1-5-3- لقاح در شرایط آزمایشگاهی(IVF)………………………………………………………………………………………..21

1-5-4-کشت جنین در شرایط آزمایشگاهی(IVC)……………………………………………………………………………23

1-6- مقایسه جنین­های طبیعی با جنین­های آزمایشگاهی………………………………………………………………….26

1-7- انجماد

1-7-1- مراحل اصلی انجماد………………………………………………………………………………………………………………..30

1-7-2- راه­های کاهش اثرات زیانبار مواد محافظت کننده…………………………………………………………………..30

1-7-3- روش­های انجماد……………………………………………………………………………………………………………………..30

1-7-3-1- انجماد شیشه­ای………………………………………………………………………………………………………………….31

1-7-3-1-1- عوامل تکنیکی موثر در انجماد شیشه­ای……………………………………………………………………….32

1-7-3-1-1-1- زمان تعادل و آبگیری………………………………………………………………………………………………..32

1-7-3-1-1-2- سرعت سرد کردن……………………………………………………………………………………………………..32

1-7-3-1-1-3- سرعت گرم کردن………………………………………………………………………………………………………35

1-7-3-1-1-4- مواد محافظ انجمادی…………………………………………………………………………………………………35

1-7-3-1-1-5- نقش ضد یخ­ها……………………………………………………………………………………………………………36

1-7-3-1-1-6- ذوب و آبدهی…………………………………………………………………………………………………………….. 36

1-8-آلدوسترون…………………………………………………………………………………………………………………………………….37

1-8-1- خصوصیات……………………………………………………………………………………………………………………………….37

1-8-2- عملکرد…………………………………………………………………………………………………………………………………….38

1-9- ارزیابی کیفیت رویان……………………………………………………………………………………………………………………41

1-10- سلول­های رویانی……………………………………………………………………………………………………………………….43

فصل دوم: بر متون گذشته

2-1- اثرات انجماد بر روی تخمک………………………………………………………………………………………………………..46

2-2- اثر روش انجماد شیشه­ای…………………………………………………………………………………………………………….47

2-3- بیان زیر واحد­های پمپ Na/K ATpase در تخمک و جنین…………………………………………………48

2-4- پمپ Na/K ATpase ……………………………………………………………………………………………………………49

2-5- آکواپورین­ها………………………………………………………………………………………………………………………………….51

2-6- هچ یا تفریخ………………………………………………………………………………………………………………………………….52

2-7- فعال شدن ژنوم رویانی………………………………………………………………………………………………………………..55

2-8- متابولیسم رویان…………………………………………………………………………………………………………………………..56

2-9- نقش آلدوسترون در بیان پروتیین Na/K ATpase………………………………………………………………..58

فصل سوم: مواد و روش­ها

3-1- تولید جنین های حاصل از لقاح خارج رحمی (IVF)

3-1-1- جمع آوری تخمدان ها از کشتارگاه و استحصال تخمک ها از مایع فولیکولی……………………………61

3-1-2- بلوغ آزمایشگاهی تخمک ها (IVM)………………..……….…….………………………………………..62

3-1-3- لقاح داخل آزمایشگاهی (IVF)……………………………………………………………………………………………..63

3-1-3-1- آماده سازی اووسیت­های بالغ شده برای لقاح…………………………………………………………………….63

3-1-3-2- آماده سازی اسپرم………………………………………………………………………………………………………………63

3-1-4- کشت داخل آزمایشگاهی جنین های حاصل از(IVF)………………………………………………………….64

3-1-5- تازه كردن محیط کشت جنین ها…………………………………………………………………………………………….65

3-2- تهیه محلول های انجمادی……………………………………………………………………………………………………………65

3-3- مراحل انجام روند انجماد شیشه ای…………………………………………………………………………………………….66

3-4- محیط ذوب…………………………………………………………………………………………………………………………………..66

3-5- گروه­های آزمایشی و طراحی مطالعه……………………………………………………………………………………………66

3-6- ارزیابی جنین ها

3-6-1- ارزیابی کیفی جنین ها با استفاده از رنگ آمیزی افتراقی………………………………………………………….68

3-7- ایمونوسایتوشیمی پروتئین­های سطحی جنین های گوسفندی(Sheep embryo ICC)……..70

فصل چهارم: نتایج

4-1- تخمک­های منجمد شده

4-1-1- گروه آزمایشی اول، افزودن آلدوسترون به محیط IVM تخمک­های

منجمد-ذوب شده در مرحله GV………………………………………………………………………………………………………….82

4-1-2- گروه آزمایشی دوم، افزودن آلدوسترون در روز چهارم

جنینی (D4)، به محیط کشت جنین­های حاصل از تخمک­های منجمد-ذوب شده…………………………….82

4-1-3- گروه آزمایشی سوم، افزودن آلدوسترون در طی IVM،

ومتعاقباً انجماد تخمک ها در مرحله MII……………………………………………………………………………………………..83

4-1-4- گروه آزمایشی چهارم، یا گروه کننرل……………………………………………………………………………………..83

4-2- تخمک های منجمد نشده

4-2-1- گروه آزمایشی پنجم، افزودن آلدوسترون به محیط IVM تخمک­های غیر منجمد……………….85

4-2-2- گروه آزمایشی ششم، افزودن آلدوسترون در روز چهارم جنینی (D4)، به محیط کشت جنین­های حاصل از تخمک­های غیر منجمد………………………………………………………………………………………………….85

4-2-3- گروه آزمایشی هفتم، یا گروه کنترل……………………………………………………………………………………….86

4-3-

فصل پنجم: بحث و پیشنهادات

بحث………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..89

نتیجه­گیری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 94

پیشنهادات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 95

منابع………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 96

خلاصه انگلیسی………………………………………………………………………………………………………………………………..113

 

 

 

 

فهرست جداول

عنوانصفحه

جدول 3-1- ترکیبات محیط HEPES buffered M199……………………………………………………………. 73

جدول 3-2- ترکیبات محیط Bicarbonate buffered M199………………………………………………….. 73

جدول 3-3- ترکیبات محیطIVF medium “Fert. TALP”……………………………………………………… 74

جدول 3-4- ترکیبات محیطRinsing medium “R. TALP”………………………………………………….. 74

جدول 3-5- ترکیبات محیط Sperm medium “S. TALP”……………………………………………………. 75

جدول 3-6- ترکیبات محیط H-SOF…………………………………………………………………………………………………. 75

جدول 3-7- ترکیبات محیطی IVC- SOF……………………………………………………………………………………….. 76

جدول 3-8- Medium A……………………………………………………………………………………………………………………… 76

جدول 3-9- مواد شیمیایی و تجهیزات…………………………………………………………………………………………………… 77

جدول 4-1- حضور آلدوسترون در محیط کشت در زمانIVM یا روز چهارم

کشت جنینی، در تکامل جنین حاصل از تخمک های منجمد-ذوب شده………………………………………………83

جدول 4-2- حضور آلدوسترون در محیط کشت در زمانIVM یا روز چهارم

کشت جنینی، در تکامل جنین حاصل از تخمک های تازه……………………………………………………………………. 86

جدول 4-3- حضور آلدوسترون در محیط کشت در زمانIVM یا روز چهارم

کشت جنینی و تأثیر آن بر تعدا سلول های در تعدادی از سلول­های بلاستوسیست در تقسیم جنین­های حاصل از تخمک­های تازه………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 86

 

 

 

فهرست نمودارها

عنوانصفحه

نمودار 4-1- تاثیر آلدسترون روی بیان زیرواحد های α1 و β1 پمپ ATPase سدیم

و پتاسیم در مدت IVM یا IVC – روز چهارم- در محیط کشت سلولهای

بلاستوسیت. نوارها با حروف مختلف نشان دهنده تفاوت معنی­دار می­باشد…………………………………………. 87

فهرست اشکال

عنوانصفحه

شکل 1-1- روند انجام اووژنزیزیس و اسپرماتوژنزیس……………………………………………………………………………. 10

شکل 1-2- روند انجام لقاح از زمان رشد تخمک…………………………………………………………………………………… 11

شکل 1-3- تصاویر شماتیک مراحل نفوذ اسپرم به داخل تخمک……………………………………………………….. 21

شکل 1- 4- تصویر شماتیک روند تکامل جنین…………………………………………………………………………………….. 24

شکل 1-5- دو مکانیسم عملکرد مولکولی آلدوسترون…………………………………………………………………………… 38

شکل 1- 6- سیگنال های آلدوسترون……………………………………………………………………………………………………. 39

شکل 1-7- میزان اتصال سلول – سلول در توده سلولی رویان…………………………………………………………….. 44

شکل 2-1- اتصالات سلولی در رویان در حال تقسیم ونقش آنها در تشکیل حفره

بلاستوسل و تعیین موقعیت سلول­های ترفکتودرم و توده داخلی………………………………………………………… 50

شکل2-2- فرایند تشکیل حفره بلاستوسل…………………………………………………………………………………………….. 51

شکل2-3- ساز وکار کنترل فرایند هچ شدن بلاستوسیست……………………………………………………………….. 53

شکل 2-4- پدیدۀ فعال شدن ژنوم رویانی……………………………………………………………………………………………… 56

شکل 3-1- رنگ آمیزی افتراقی بلاستوسیت های مشتق از تخمک های منجمد…………………………….. 69

شکل 3-2- رنگ آمیزی ایمونوسیتوشیمی زیر واحد های α1 و β1 پمپ Na+/K+ ATPase… 72

شکل 4-1- تصاویر مورولا و بلاستوسیست تولید شده در آزمایشگاه

جنین شناسی پژوهشگاه ابن سینا…………………………………………………………………………………………………………… 84

شکل 4-2- تصاویر بلاستوسیست های در حال تفریخ در آزمایشگاه

1-7-2 کود زیستی (Biofertilizer) 18

1-7-3 دسته بندی کودهای زیستی. 19

1-7-4 اثرات سوء کودهای شیمیایی. 19

1-7-5 دلایل اهمیت استفاده از کودهای زیستی. 20

1-7-5-1 اهمیت کودهای بیولوژیک در سلامتی انسان. 21

1-8- پیشینه استفاده از کودهای زیستی. 22

1-9- جایگاه تولید كودهای زیستی در ایران و جهان. 23

1-10- تولید کودهای زیستی. 25

1-10-1 ویژگی ماده حامل. 26

1-11- کودهای زیستی باکتریایی. 27

1-12- کودهای زیستی فسفاته. 28

1-13- لیگنیت. 29

1-14- ویژگی های گیاه تربچه. 30

1-14-1 خصوصیات گیاه شناسی. 30

1-14-2 شرایط اقلیمی. 31

1-14-3 کشت تربچه. 33

1-15- اهداف تحقیق. 34

1-16- فرضیه های تحقیق. 34

فصل دوم:بر ادبیات و پیشینه تحقیق

2-1- پیشینه تحقیق. 36

2-2- هدف پژوهش. 40

فصل سوم:روش اجرای تحقیق

3-1- تهیه کشت جوان و اطمینان از خالص بودن سویه نگهداری شده 42

3-1-1 رنگ آمیزی گرم. 42

3-1-2 تکنیک کاور اسلیپ. 42

3-2- پیش تست سویه مورد نظر برای اطمینان مجدد از انحلال فسفات در مقیاس آزمایشگاهی. 43

3-3- ارزیابی به کارگیری افزودنی­های لازم برای افزایش بقا سویه مورد نظر نسبت به تنش های محیطی مشتمل بر خشکی، شوری، دما، UV، pH 44

3-3-1 آماده سازی ماده حامل جهت تلقیح با باکتری. 44

3-3-2 اعمال تنش های محیطی بر روی تیمارها. 45

3-3-2-1 محیط کشت استارچ کازئین آگار. 46

3-3-2-2 محلول كدورت سنجی مك فارلند. 46

3-3-2-3 محلول رقیق كننده. 47

3-4- اعمال بهترین تیمار به گلدان ها و بررسی پایداری باکتری در ریزوسفر گیاه تربچه. 47

3-4-1 روش كشت گلدانی تربچه. 47

3-5- تاثیر سطوح مختلف تلقیح بر روی بقاء در سطح بذر تربچه 48

3-6- تاثیر سطوح مختلف تلقیح به کار برده شده در جذب فسفات توسط گیاه تربچه. 48

3-6-1 اندازه گیری غلظت فسفر گیاه تربچه. 48

3-6-2 روش ساخت معرف وانادات – مولیبدات. 49

3-6-3 روش تهیه محلول های استاندارد فسفر و رسم منحنی استاندارد 49

3-7- بررسی بقاء باکتری در حامل‏های مختلف. 50

3-8- نگهداری سویه مورد نظر برای مطالعات بعدی. 50

3-8-1 محیط كشت نوترینت براث (Nutrient Broth) 51

3-8-2 محیط كشت TSA.. 51

3-9- نتایج آنالیز خاک گلدان قبل از آزمون و پس از آزمون 52

3-10- تجزیه وتحلیل آماری داده ها. 52

فصل چهارم:تجزیه و تحلیل داده‏ها

4-1- تهیه محیط کشت تازه و اطمینان از خالص بودن سویه نگهداری شده 54

4-2- پیش تست سویه مورد نظر برای اطمینان مجدد از انحلال فسفات 54

4-3- تاثیر مواد حامل بر بقاء سویه باکتری. 55

4-3-1 تاثیر تنش دمایی بر افزایش بقاء باکتری در فرمول 55

4-3-2 تاثیر تنش شوری بر افزایش بقاء باکتری در فرمول. 65

4-3-3 تاثیر تنش خشکی بر افزایش بقا باکتری در فرمول. 73

4-3-4 تاثیر تنش PH بر افزایش بقا باکتری در فرمول. 76

4-3-5 تاثیر تنش UV بر افزایش بقا باکتری در فرمول. 84

4-4- اعمال بهترین تیمار به گلدان و بررسی پایداری باکتری در ریزوسفر گیاه. 89

4-6- تاثیر سطوح مختلف تلقیح به کار برده شده در جذب فسفات توسط گیاه و نتایج آنالیز فسفات خاک گلدان‏ها و آنالیز فسفات گیاه 96

4-7- بررسی بقاء باکتری در حامل‏های مختلف. 103

فصل پنجم:نتیجه گیری و پیشنهادات

5-1- نتیجه گیری. 111

5-2- پیشنهادات. 119

منابع و مآخذ. 121

فهرست منابع فارسی. 121

فهرست منابع انگلیسی. 123

چکیده انگلیسی. 126

 

 

 

 

فهرست جداول

عنوان شماره صفحه

جدول 1-1- فهرستی از كودهای زیستی فسفاته داخل کشور.. 25

جدول 2-1- درجه حرارت های مورد نیاز گیاه تربچه.. 32

جدول 3-1- ترکیبات محیط کشت PVK.. 43

جدول 3-2- ترکیبات محیط کشت استارچ کازئین آگار.. 46

جدول 3-3- ترکیبات سرم فیزیولوژی.. 47

جدول 3-4- ترکیبات محیط کشت نوترینت براث.. 51

جدول 3-5- نتایج آنالیز مینرالوژی و تجزیه سرندی خاک.. 52

جدول 3-6- توزیع اندازه ذرات خاک.. 52

جدول 4-1- میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف دمایی (درجه سانتیگراد).. 55

جدول 4-2- میانگین بقاء باکتری در زمان‏ (روز شمارش).. 55

جدول 4-3- میانگین بقاء باکتری در رقت‏های مختلف.. 55

جدول 4-4- تجزیه واریانس سطوح مختلف دما بر بقاء باکتری.. 56

جدول 4-5- تجزیه واریانس سطوح مختلف زمان شمارش کلنی‏ها بر بقاء باکتری.. 56

جدول 4-6- تجزیه واریانس سطوح مختلف رقت بر بقاء باکتری.. 56

جدول 4-7- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف دما به روش دانکن (α < 0.05).. 57

جدول 4-8- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف دما به روش دانکن (α <0.05).. 57

جدول 4-9- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف رقت به روش دانکن (α <0.05).. 57

جدول 4-10- میانگین بقاء باکتری بر اساس مواد حامل فرموله شده در تنش دمایی.. 58

جدول 4-11- تجزیه واریانس بین مواد حامل فرموله شده مختلف بر بقاء باکتری.. 58

جدول 4-12- مقایسه میانگین تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری به روش دانکن (α <0.05).. 59

جدول 4-13- میانگین بقاء باکتری بر اساس فاکتورهای دما، رقت، زمان شمارش کلنی‏ها و مواد حامل فرموله شده.. 60

جدول 4-14- میزان معنی داری فاکورهای دما (Temperature)، رقت (Dilution)، زمان شمارش کلنی‏ها (Day) و مواد حامل فرموله شده (CarrierMaterials) بر بقاء باکتری در تنش دمایی.. 62

جدول 4-15- میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف شوری.. 65

جدول 4-16- میانگین بقاء باکتری در زمان‏ (روز شمارش).. 65

جدول 4-17- میانگین بقاء باکتری در رقت‏های مختلف.. 65

جدول 4-18- تجزیه واریانس سطوح مختلف شوری بر بقاء باکتری 66

جدول 4-19- تجزیه واریانس سطوح مختلف زمان شمارش کلنی‏ها بر بقاء باکتری.. 66

جدول 4-20- تجزیه واریانس سطوح مختلف رقت بر بقاء باکتری.. 66

جدول 4-21- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف شوری به روش دانکن (α <0.05).. 66

جدول 4-22- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف زمان به روش دانکن (α <0.05).. 67

جدول 4-23- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف رقت به روش دانکن (α <0.05).. 67

جدول 4-24- میانگین بقاء باکتری بر اساس مواد حامل فرموله شده در تنش شوری.. 67

جدول 4-25- تجزیه واریانس بین مواد حامل فرموله شده مختلف بر بقاء باکتری تحت تنش شوری.. 68

جدول 4-26- مقایسه میانگین تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری به روش دانکن در تنش شوری(<0.05).. 68

جدول 4-27- میانگین بقاء باکتری بر اساس فاکتورهای شوری، رقت، زمان شمارش کلنی‏ها و مواد حامل فرموله شده.. 69

جدول 4-28- میزان معنی داری فاکورهای شوری (Salinity)، رقت (Dilution)، زمان شمارش کلنی‏ها (Day) و مواد حامل فرموله شده (Carrier Materials) بر بقاء باکتری در تنش شوری.. 71

جدول 4-29- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف خشکی و مواد حامل به روش دانکن (α <0.05) ……………………. 72

جدول 4-30- میانگین بقاء باکتری بر اساس مواد حامل فرموله شده در تنش خشکی…………………………………… 73

جدول 4-31- مقایسه میانگین تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری در تنش خشکی به روش دانکن (α <0.05)……………….. 73

جدول 4-32- میانگین بقاء باکتری بر اساس فاکتورهای خشکی و مواد حامل فرموله شده…………………………….. 73

جدول 4-33- میزان معنی داری فاکورهای خشکی و مواد حامل فرموله شده (Carrier Materials) بر بقاء باکتری.. 75

جدول 4-34- تجزیه واریانس سطوح مختلف pH بر بقاء باکتری.. 76

جدول 4-35- تجزیه واریانس سطوح مختلف زمان شمارش کلنی‏ها بر بقاء باکتری.. 76

جدول 4-36- تجزیه واریانس سطوح مختلف رقت بر بقاء باکتری.. 77

جدول 4-37- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف pH به روش دانکن (α <0.05).. 77

جدول 4-38- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف زمان به روش دانکن تحت تاثیر تنش pH (α <0.05).. 77

جدول 4-39- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف رقت به روش دانکن تحت تاثیر تنش pH(α <0.05).. 78

جدول 4-40- میانگین بقاء باکتری بر اساس مواد حامل فرموله شده تحت تاثیر تنش pH.. 78

جدول 4-41- تجزیه واریانس بین مواد حامل فرموله شده مختلف بر بقاء باکتری.. 78

جدول 4-42- مقایسه میانگین تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری به روش دانکن (α <0.05).. 79

جدول 4-43- میانگین بقاء باکتری بر اساس فاکتورهای pH ، رقت، زمان شمارش کلنی‏ها و مواد حامل فرموله شده.. 80

جدول 4-44- میزان معنی داری فاکورهای pH ، رقت (Dilution)، زمان شمارش کلنی‏ها (Day) و مواد حامل فرموله شده (Carrier Materials) بر بقاء باکتری.. 82

جدول 4-45- تجزیه واریانس سطوح مختلف زمان شمارش کلنی‏ها بر بقاء باکتری در تنش uv. 84

جدول 4-46- تجزیه واریانس سطوح مختلف رقت بر بقاء باکتری در تنش uv 84

جدول 4-47- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف uv به روش دانکن (α <0.05).. 85

جدول 4-48- مقایسه میانگین بقاء باکتری در سطوح مختلف رقت به روش دانکن تحت تنش uv (α <0.05).. 85

جدول 4-49- میانگین بقاء باکتری بر اساس مواد حامل فرموله شده تحت تنش uv. 86

جدول 4-50- تجزیه واریانس بین مواد حامل فرموله شده مختلف بر بقاء باکتری تحت تنش uv. 86

جدول 4-51- مقایسه میانگین تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری به روش دانکن تحت تنش uv (α <0.05).. 86

جدول 4-52- میانگین بقاء باکتری بر اساس فاکتورهای uv، رقت، زمان شمارش کلنی‏ها و مواد حامل فرموله شده.. 87

جدول 4-53- میزان معنی داری فاکورهای uv، رقت (Dilution)، زمان شمارش کلنی‏ها (min) و مواد حامل فرموله شده (Carrier Materials) بر بقاء باکتری.. 88

جدول 4-54- میانگین بقاء باکتری در ریزوسفر گیاه تربچه بر اساس مواد حامل فرموله شده.. 90

جدول 4-55- تجزیه واریانس بین مواد حامل فرموله شده مختلف بر بقاء باکتری در ریزوسفر گیاه تربچه.. 90

جدول 4-56- مقایسه میانگین بقاء باکتری در ریزوسفر گیاه تربچه به روش دانکن (α <0.05).. 91

جدول 4-57- میانگین بقاء باکتری در مواد حامل مختلف تلقیح شده به بذر.. 92

جدول 4-58- میانگین بقاء باکتری در زمان‏ (روز شمارش).. 92

جدول 4-59- مقایسه میانگین تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری به روش دانکن (α <0.05).. 93

جدول 4-60- مقایسه میانگین بقاء باکتری در حامل های مختلف به روش دانکن (α <0.05).. 93

جدول 4-61- میانگین بقاء باکتری در مواد حامل فرموله شده و زمان شمارش کلنی‏ها.. 94

جدول 4-62- میزان معنی داری فاکورهای زمان شمارش کلنی‏ها (Day) و مواد حامل فرموله شده (Carrier Materials) بر بقاء باکتری.. 94

جدول 4-63- میزان معنی داری فاکورهای طول برگ (Leaf Lenght)، وزن خشک (Dry Weight) ، وزن تر (Fersh Weight) ، فسفات خاک (Soil Phosphate) و فسفات گیاه (Plant Phosphate)بر بقاء باکتری.. 96

جدول 4-64- مقایسه میانگین طول برگ در حامل های مختلف به روش دانکن (α <0.05).. 97

جدول 4-65- مقایسه میانگین وزن خشک در حامل های مختلف به روش دانکن (α <0.05).. 97

جدول 4-66- مقایسه میانگین وزن تر در حامل های مختلف به روش دانکن (α <0.05).. 98

جدول 4-67- مقایسه میانگین فسفات خاک در حامل های مختلف به روش دانکن (α <0.05). 98

جدول 4-68- مقایسه میانگین فسفات گیاه در حامل های مختلف به روش دانکن (α <0.05).. 99

جدول 4-69- میانگین بقاء باکتری در زمان‏ (روز شمارش) در دوره 3 ماهه.. 103

جدول 4-70- میانگین بقاء باکتری در رقت‏های مختلف در دوره 3 ماهه 103

جدول 4-71- تجزیه واریانس سطوح مختلف زمان شمارش کلنی‏ها بر بقاء باکتری در دوره 3 ماهه.. 104

جدول 4-72- تجزیه واریانس سطوح مختلف رقت بر بقاء باکتری در دوره 3 ماهه.. 104

جدول 4-73- مقایسه میانگین بقاء باکتری در حامل‏های مختلف در زمان های شمارش مختلف به روش دانکن (α <0.05).. 104

جدول 4-74- مقایسه میانگین رقت بر بقاء باکتری به روش دانکن در دوره 3 ماهه (α <0.05).. 105

جدول 4-75- میانگین بقاء باکتری بر اساس مواد حامل فرموله شده در دوره 3 ماهه.. 105

جدول 4-77- مقایسه میانگین تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری به روش دانکن (α <0.05).. 106

جدول 4-78- میانگین بقاء باکتری در مواد حامل فرموله شده، رقت و زمان شمارش کلنی‏ها.. 107

جدول 4-79- میزان معنی داری فاکورهای رقت (Dilution)، زمان شمارش کلنی‏ها (Day) و مواد حامل فرموله شده (Carrier Materials) بر بقاء باکتری 108

 

 

 

 

 

فهرست نمودارها

عنوان شماره صفحه

نمودار 3-1- منحنی استاندارد فسفر(گیاه).. 50

نمودار 4-1- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور زمان شمارش کلنی‏ها (روز).. 63

نمودار 4-2- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور دما (درجه سانتیگراد).. 63

نمودار 4-3- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور رقت 64

نمودار 4-4- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور شوری (درصد).. 72

نمودار 4-5- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور زمان شمارش کلنی‏ها (روز) تحت تنش شوری.. 72

نمودار 4-6- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور رقت تحت تنش شوری.. 73

نمودار 4-7- تاثیر سطوح مختلف خشکی و ماده حامل بر بقاء باکتری در فرمول.. 76

نمودار 4-8- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور pH 83

نمودار4 -9- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور زمان شمارش کلنی‏ها (روز) تحت تنش pH.. 83

نمودار 4-10- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور رقت تحت تنش pH.. 84

نمودار 4-11- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور زمان شمارش کلنی‏ها (دقیقه) تحت تنش uv. 88

نمودار 4-12- تاثیر مواد حامل بر بقاء باکتری بر اساس فاکتور رقت تحت تنش uv. 89

نمودار 4-14- بقا باکتری در سطوح مختلف تلقیح.. 95

نمودار 4-15- اندازه طول برگ در تیمارها.. 99

نمودار 4-16- وزن خشک گیاه در تیمارها.. 100

نمودار 4-17- وزن تر گیاه در تیمارها.. 100

نمودار 4-18- آنالیز فسفات خاک گلدان ها در تیمارها.. 101

نمودار 4-19- آنالیز فسفات گیاه در تیمارها.. 101

نمودار 4-21- بقا باکتری در حامل‏ و رقت‏های مختلف در مدت 90 روز 108

نمودار 4-22- بقا باکتری در حامل‏های مختلف در مدت 90 روز.. 109

نمودار 4-23- بقا باکتری درمدت زمان 90 روز‏ و رقت‏های مختلف 109

 

 

فهرست شکل ها

عنوان شماره صفحه

شکل 1-1- تغییر و تبدیلات فسفر خاک توسط باکتری ها. 11

شکل 1-2- مکانیسم های انحلال فسفات توسط باکتری. 14

شکل 1-3- تاثیر باکتری های حل کننده فسفات روی گیاهان. 16

شکل 1-4- لیگنیت. 30

شکل 1-5- گیاه تربچه. 31

شکل 1-6- تربچه نقلی یا چهار فصل. 34

شکل 3-1- تیمارهای فرموله شده از لیگنیت، سویا، خاک فسفات 44

شکل 4-1- کشت تازه از سویه روی محیط pvk. 54

شکل 4-2-کشت روی محیط pvk. 54

شکل 4-3- مقایسه ظاهری تیمار فرمول با کنترل. 90

شکل 4-4- تیمارهای بکارگرفته شده در گلدان ها در هفته اول و دوم 102

شکل 4-5- مقایسه ظاهری تیمارها با کنترل. 102

 

 

 

 

 

چکیده

مصرف بی رویه کودهای شیمیایی موجب عدم تعادل عناصر و مواد غذایی موجود در خاک، کاهش بازده محصولات کشاورزی و به خطر افتادن سلامت انسان­ها و دیگر موجودات زنده شده است. به همین علت امروزه استفاده از کودهای زیستی مورد توجه قرار گرفته است. باکتری­های حل کننده فسفات برای افزایش فراهمی فسفر مورد نیاز گیاه کارآمد به نظر می رسند. با توجه به اینکه اغلب خاک های ایران آهکی بوده و در اقلیم‏های خشک و نیمه خشک هستند، وجود pH بالا، درصد زیاد کربنات کلسیم، کمبود مواد آلی و خشکی خاک باعث شده اند که جذب فسفر کمتر از مقدار لازم برای تامین رشد بهینه اغلب محصولات کشاورزی باشد، لذا هدف از این پژوهش بررسی تاثیرspp.Streptomycesجدا شده از خاک بر انحلال فسفات به منظور تولید کود زیستی فسفاته می باشد. جهت حداکثر افزایش بقاء باکتری در ماده حامل از سطوح تلقیح مختلفی که شامل لیگنیت و مواد تکمیلی پودر سویا و خاک فسفاته با نسبتهای مشخص بود استفاده شد و این مواد حامل تلقیح شده تحت تنشهای دما، شوری، خشکی، pH و uv قرار گرفتند همچنین کلیه مواد حامل ساخته و تلقیح شده بطور جداگانه در یک بازه زمانی 90 روز از لحاظ بررسی بقاء باکتری سنجیده شدند. بهترین فرمول به دست آمده از تنشها در گلدان به کارگیری شد. همچنین تیمارهای دیگری نیز از لیگنیت با سطوح مختلف ساخته و با باکتری و بذر تربچه تلقیح شد و بقاء باکتری در بازه 24 ساعته اندازه گیری شد و بعد از آن در گلدان به کار گرفته شدند. با توجه به نتایج به دست آمده بهترین فرمول به دست آمده از تنش­ها و بازه زمانی 90 روز، فرمول لیگنیت + خاک فسفات 2% + سویا 1% تعیین شد و بعد از بکارگیری در گلدان بهترین نتیجه را نسبت به سایر مواد حامل و کنترل نشان داد و پارامترهای رشد گیاه تربچه و جذب فسفات گیاه را بهتر از تمامی مواد حامل و کنترل افزایش داده است. از بین تیمارهای ساخته شده و تلقیح شده به بذر تیمار شامل 200 گرم حامل + خاک مزرعه بهترین نتایج را نشان داد و بعد از به کارگیری تیمارها در گلدان نیز تیمار شامل 200 گرم حامل + خاک مزرعه بهترین نتیجه را نشان داد. این فرمول بهترین نتیجه را در پارامترهای رشد گیاه تربچه و جذب فسفات گیاه نسبت به سایر تیمارها نشان داد. در یک نتیجه گیری کلی، فرمول لیگنیت + خاک فسفات 2% + سویا 1% به عنوان فرمول نهایی و اصلی برای به کارگیری در آزمایشات بعدی و مقیاس مزرعه پیشنهاد می‏گردد.

1-3-3-2-4-2ریزماهوارهها 15

1-4 فراوانی، توزیع و سازماندهی ریزماهواره‏ها در داخل ژنوم. 16

1-5 مکانیسم ایجاد تنوع در طول توالی‏های تکراری.. 16

1-5-1 کراسینگ اور نابرابر. 17

1-5-2 عدم جفت شدن ناشی از سرخوردنDNA در طول رشته (خطاهای همانند سازی) 17

1-6 دامنه تنوع واحدهای تکرارشونده 19

1-6-1 مدل جهش گام به گام. 19

1-6-2 مدل آللی نا‏محدود. 19

1-7 مارکرهای STR.. 20

1-8 کاربرد مارکرهای STR.. 20

1-8-1 مطالعات شجره‏ای و روابط فامیلی.. 20

1-8-2 شناسایی هویت قربانیان حوادث.. 21

1-8-3 تعیین هویت در موارد جنایی.. 22

1-8-3-1 شناسایی افراد مجهول الهویه. 22

1-8-3-2 ردیابی مجرمین.. 22

1-8-4 ردیابی تاریخ بشر و مطالعات جمعیتی.. 23

1-9 سایر کاربردهای مارکرهای STR.. 25

1-9-1 جمع آوری سلول های جنینی از خون مادر 25

1-9-2 نقشه‏ی ژنوم بیماری‏ها 26

1-9-3 تعیین هویت افراد استفاده کننده از سرنگ مشترک.. 26

1-9-4 تشخیص کلون‏های موفق.. 26

1-9-5 بررسی و نظارت روی پیوند عضو. 26

1-9-6 تشخیص کایمرهای ژنتیکی.. 26

1-9-7 مشخص نمودن خطوط سلولی.. 27

1-9-8 تشخیص تومورهای سرطانی.. 27

1-10 روش‏های کلی شناسایی هویت افراد در سطح مولکولی.. 27

1-10-1 روش انگشت نگاری ژنتیکی از طریق هیبرید کردن با DNA جستجوگر. 27

1-10-1-1 محدودیت‏های روش انگشت نگاری.. 29

1-10-2 روش پروفایلینگ… 29

1-11 تاریخچه استفاده از مارکرهایSTR.. 30

1-12 CODIS چیست؟. 31

1-13 کیت مورد استفاده در تعیین هویت.. 32

1-14 معرفی استان‏ها 34

1-14-1 استان کرمانشاه 34

1-14-1-1 موقعیت جغرافیایی.. 34

1-14-2 استان یَزد. 35

1-14-2-1 موقعیت جغرافیایی.. 36

1-15 هدف از تحقیق: 37

فصل دوم. 38

2-1 نمونه گیری.. 39

2-2 استخراج DNA به روش نمک اشباع. 39

2-3 آماده سازی نمونه ها جهت انجام تست DNA Typing. 40

۲-3-1 رسوب گذاری با اتانول. 41

2-3-2 تعیین غلظت نمونه های DNA توسط دستگاه Nanodrop. 42

2-3-3 تهیه ی Working Stoke. 42

2-4 تست DNA Typing. 43

2-4-1 Multiplex PCR.. 43

2-5 مواد و تجهیزات مورد نیاز در DNA Typing. 44

2-5-1 آزمایش DNA Typing. 44

2-5-2 جداسازی قطعات.. 45

2-5-2-1 تجهیزات لازم. 45

2-5-2-2 آماده سازی دستگاه جهت جداسازی قطعات.. 46

2-5-2-3 روش جداسازی قطعات.. 46

2-6 آنالیز داده ها 47

3-1 نمونه‏ها 53

3-2 پروفایل ژنتیکی.. 53

3-2 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‏ها 55

3-3 نتایج حاصل از آنالیز نمونه‏های کرمانشاه 56

3-4 نتایج حاصل از آنالیز نمونه های یزد. 60

فصل چهارم. 65

4-1 بحث.. 66

4-2 نتیجه‏گیری.. 73

4-3 پیشنهادات.. 73

منابع انگلیسی.. 74

منابع فارسی………………………………………………………………………………………………………….75

 

فهرست جداول

شکل 1-1 انواع نشان گرهای ژنتیکی ]10[ 7

جدول 1-1 جایگاه‏های موجود در کیت ABI 33

جدول2-1 محلولI استخراج DNA (محلول لیز کننده گلبول های قرمز) 39

جدول 2-2 محلول II استخراج DNA (محلول لیز کننده گلبول های سفید) 40

جدول 2-3 ترکیبات TE. 40

جدول 2-4 شرایط PCR.. 45

جدول ۲-5 تنظیمات دستگاه ABI3130 در جداسازی قطعات STR.. 46

شکل2-4 چگونگی عملکرد دستگاه الکتروفورز موئینه ای[26] 47

جدول 2-6 مواد فلورسنت موجود در کیت ABI و رنگهایشان. 48

شکل2-5 مواد مختلف در طول موج های متفاوتی نور خود را ساطع می کنند[26] 48

جدول 2-7 ماده فلورسنت مورد استفاده برای هر جایگاه[25] 49

شکل3-1 پروفایل ژنتیکی یک فرد. 54

جدول3- 2 فراوانی آللی و سایر پارامترهای جمعیتی و پزشکی قانونی در جمعیت یزد را نشان می‏دهد. 60

جدول 4-1 مقایسه جمعیت کرمانشاه با سایر جمعیت‏ها 67

جدول 4-2 مقایسه جمعیت یزد با سایر جمعیت‏ها 68

فهرست شکل ها

شکل 1-2 کراسینگ آور و مبادلات نابرابر بین کروماتیدهای خواهری سبب ایجاد حذف شدگی یا الحاق می شود]23.[. 17

شکل 1-3 متزلزل بودن پلی مراز حین همانندسازی DNA می‏تواند طول تکرار را به اندازه یک یا دو واحد تغییر دهد [23]. 18

شکل 1-4 آلل‏های فرزندان مجموعه‏ای از آلل‏های والدین آنها می‏باشد [62]. 21

شکل 1-5 شناسائی مجرمین به کمک مارکرهای STR[26]. 23

شکل 1-6 مراحل انگشت نگاری ژنتیکی [38]. 28

شکل 1-7 مراحل پروفایلینگ DNA[36]. 30

شکل 1-8 جایگاه های CODIS روی کروموزوم های انسان[25]. 32

شکل 1-9 موقعیت جغرافیائی استان کرمانشاه [44]. 35

شکل 1-10 موقعیت جغرافیائی استان یزد[45]. 36

شکل2-2 استفاده از Multiplex PCR در روش پروفایلینگ[36] 44

شکل 2-3 دستگاه الکتروفورز موئینه ای[51] 46

شکل 2-6ladder به کاررفته در کیت ABI[25] 50

شکل 4-1 درخت فیلوژنتیکی میان سیزده جمعیت مختلف[46] 71

شکل 4-2.درخت فیلوژنتیکی میان نه جمعیت مختلف[46] 71

فهرست نمودار ها

نمودار3-1 پارامترهای ژنتیکی جمعیت استان کرمانشاه برحسب درصد. 60

نمودار3-2 پارامترهای ژنتیک جمعیت استان یزد برحسب درصد. 64

چکیده

بررسی تنوع ژنتیکی اقوام ایرانی با استفاده ازSTR مونا داودبیگی

بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت‏ها با استفاده ار تعیین فراوانی آللی و پارامترهای ژنتیکی روش نوینی است که در سال‏های گذشته در بسیاری از جمعیت‏های جهان صورت گرفته و با استفاده از آن شباهت بسیاری از جمعیت‏ها به یکدیگر مشخص گردیده. شباهت جمعیت‏ها نشان دهنده‏ی همسان بودن خزانه‏ی ژنتیکی آنها و احتمالا یکسان بودن آن جمعیت‏ها در گذشته است. پس این احتمال وجود دارد که این جمعیت‏ها در گذشته یک جمعیت بوده باشند و بعد‏ها به دلایل جغرافیایی و یا مهاجرت‏ها از یکدیگر جدا شده باشند. یکی از راه‏های بررسی تنوع ژنتیکی در جمعیت‏ها استفاده از توالی‏های کوتاه تکراری می‏باشد .هدف این مطالعه بررسی تنوع ژنتیکی در دو قوم یزد و کرد (کرمانشاه) از ایران بود. بدین منظور پروفایل ژنتیکی پنجاه فرد غیر خویشاوند از هر یک از جمعیت‏های کرمانشاه و یزد با استفاده از کیت ABIتهیه شد. این کیت حاوی پانزده جایگاه D8S1179،D21S11 ، D7S820،CSF ،D3S1358 ،TH01 ، D13S317، D16S539،D2S1338 ، D19S433، VWA، TPOX،D18S51 ، D5S818،FGA ،VWA ، TPOX و TH01 و ژن آمیلوژنین (برای تعیین جنسیت افراد) می‏باشد. نتایج نشان دادند که به جز دو جایگاه D7S820 وD19S433 در جمعیت کرمانشاه و سه جایگاه D21S11 ,D19S433 و VWA در یزد سایر جایگاه‏ها در تعادل هاردی‏واینبرگ بودند. همچنین پارامترهای پزشکی قانونی شامل PIC,PD,PE,MP در این مطالعه بررسی شدند. سپس دو جمعیت با جمعیت‏های کشورهای همسایه مقایسه شدند. این مطالعه نشان داد که این جایگاه‏ها، جایگاه‏های مناسب برای استفاده در تست‏های تعیین هویت و مطالعات جمعیتی می‏باشند. در نتیجه‏‏ی مقایسات هم دیده شد که هر دو جمعیت یزد و کرمانشاه شباهت زیادی به جمعیت کشور ترکیه داشتند ولی با سایر کشورها متفاوت بودند. از طرفی یزد نسبت به کرمانشاه دارای جمعیت همگن تری بود که این مسئله می‏تواند به علت بکر بودن این جمعیت در طول سالیان مختلف باشد.

کلمات کلیدی: توالیهای کوتاه تکراری، نشانگرهای مولکولی، ژنتیک جمعیت

Abstract

اتیولوژی…………………………………………………………………………………………………………………………… 7

2ـ7ـ وراثت پذیری و اثرات محیطی………………………………………………………………………………………… 7

2ـ8ـ هیپوکامپ در اسکیزوفرنی………………………………………………………………………………………………. 7

2ـ9ـ اکسی توسین و گابا در اختلال اسکیزوفرنی…………………………………………………………………… 7

2ـ10ـ اکسی توسین و متابولیک ایمنی اسکیزوفرنی………………………………………………………………. 8

2ـ11ـ هورمون………………………………………………………………………………………………………………………… 9

2ـ11ـ1ـ انواع هورمون……………………………………………………………………………………………………………. 9

2ـ11ـ2ـ نحوه انتقال هورمون در خون………………………………………………………………………………….. 9

2ـ11ـ3ـ نحوه تاثیر هورمون ها……………………………………………………………………………………………… 9

2ـ11ـ4ـ غده هیپوفیز…………………………………………………………………………………………………………….. 10

2ـ12ـ ویژگی های عمومی اکسی توسین………………………………………………………………………………. 10

2ـ13ـ نقش اکسی توسین………………………………………………………………………………………………………. 11

2ـ14ـ کنترل ترشح اکسی توسین…………………………………………………………………………………………. 11

2ـ15ـ توزیع و نقش گیرنده های اکسی توسین…………………………………………………………………….. 12

2ـ16ـ فعال سازی سیگنالینگ PKC از طریق Gـ پروتئین…………………………………………………… 13

فصل سوم: مواد و روش ها…………………………………………………………………………………..15

3ـ1ـ جمع آوری نمونه…………………………………………………………………………………………………………….. 16

3ـ2ـ نمونه گیری……………………………………………………………………………………………………………………… 16

3ـ3ـ مواد و محلول های مورد نیاز برای انجام استخراج…………………………………………………………. 16

3ـ4ـ مراحل استخراج………………………………………………………………………………………………………………. 17

3ـ5ـ واکنش زنجیره ای پلی مراز (PCR)……………………………………………………………………………….. 18

3ـ6ـ بررسی پلی مورفیسم rs2254298 ژن OXTR…………………………………………………………… 19

3ـ7ـ فرایند انجام واکنش PCR………………………………………………………………………………………………. 19

3ـ7ـ1ـ مواد و وسایل مورد نیاز برای انجام PCR……………………………………………………………………. 19

3ـ7ـ2ـ محلول های مورد نیاز برای واکنش PCR…………………………………………………………………… 20

3ـ7ـ3ـ روش کار………………………………………………………………………………………………………………………. 20

3ـ7ـ4ـ مراحل انجام PCR………………………………………………………………………………………………………. 21

3ـ8ـ RFLPـPCR……………………………………………………………………………………………………………………. 22

3ـ8ـ1ـ مراحل و مواد مورد نیاز برای انجام RFLP…………………………………………………………………. 23

3ـ8ـ2ـ آنزیم BsrӀ…………………………………………………………………………………………………………………… 23

3ـ8ـ3ـ روش کار………………………………………………………………………………………………………………………. 23

3ـ9ـ مراحل و مواد مورد نیاز برای انجام الکتروفورز………………………………………………………………… 24

3ـ9ـ1ـ مواد مورد نیاز………………………………………………………………………………………………………………. 24

3ـ9ـ2ـ تهیه ژل آگارز 3 درصد………………………………………………………………………………………………… 24

3ـ10ـ بررسی پلی مورفیسم rs53576………………………………………………………………………………….. 25

3ـ10ـ1ـ آنزیم BamHӀ…………………………………………………………………………………………………………… 25

3ـ10ـ2ـ روش کار…………………………………………………………………………………………………………………….. 26

3ـ11ـ آنالیز آماری…………………………………………………………………………………………………………………….. 26

فصل چهارم: نتایج……………………………………………………………………………………………….27

4ـ1ـ اطلاعات بیماران و افراد سالم…………………………………………………………………………………………… 28

4ـ2ـ بررسی پلی مورفیسم rs2254298 در ژن گیرنده اکسی توسین………………………………….. 29

آنالیز آماری………………………………………………………………………………………………………………………………… 30

4ـ3ـ بررسی پلی مورفیسم برای (A/G) ژن OXTR………………………………………………………………… 32

4ـ3ـ1ـ آنالیز آماری……………………………………………………………………………………………………………………. 33

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری و ارائه پیشنهادات………………………………………………….34

5ـ1ـ بحث…………………………………………………………………………………………………………………………………….. 35

5ـ2ـ پیشنهادات…………………………………………………………………………………………………………………………… 37

مراجع…………………………………………………………………………………………………………………..38

 

 

 

فهرست جدول ها

عنوان جدولصفحه

جدول 3-1 مشخصات پرایمر برای جایگاه rs2254298 ………………………………………… 19

جدول 3-2 مقدار مواد مورد نیاز برای ساخت مخلوط PCR……………………………………. 20

جدول 3-3- شرایط دمایی مورد نیاز PCR و پرایمرها…………………………………………………………….. 22

جدول 3-4-اندازه باندهای ایجاد شده توسط BsrӀ در پلی مورفیسم rs2254298…………… 23

جدول 3-5-مواد مورد نیاز برای برش مورد نظر در جایگاه rs2254298…………………….. 23

جدول 3-6- مشخصات پرایمر برای جایگاه rs53576…………………………………………… 25

جدول 3-7- اندازه باندهای ایجاد شده توسط BamH Ӏ در پلی مورفیسم rs53576………… 26

جدول 3-8- مواد مورد نیاز مختص rs53576……………………………………………………. 26

جدول 4-1- مشخصات دموگرافیک گروه های بیمار و کنترل…………………………………………………. 28

جدول 4-2- بررسی P-value ویژگی های دموگرافیک در دو گروه بیمار و کنترل………………… 29

جدول 4-3-مقایسه فراوانی ژنوتیپی در پلی مورفیسم rs2254298……………………………. 31

جدول 4-4-مقایسه فراوانی ژنی در پلی مورفیسم rs2254298………………………………… 31

جدول 4-5- مقایسه فراوانی ژنوتیپی در پلی مورفیسم rs53576………………………………. 33

جدول 4-6- مقایسه فراوانی ژنی در پلی مورفیسم rs53576……………………………………. 33

 

 

فهرست شکل ها

عنوان شکل صفحه

شکل 2ـ1ـ جایگاه ژنومی OXTR……………………………………………………………………….. 11

شکل 2ـ2ـ مسیر سیگنالینگ PKC…………………………………………………………………… 14

شکل 3ـ1ـ DNA استخراج شده از نمونه های خون بر روی ژل آگارز 1%……………………… 18

شکل 4ـ1ـ تصویر ژل آگارز %3 برای پلی مورفیسم rs2254298……………………….. 30

شکل 4ـ2ـ تصویر ژل آگارز %3 برای پلی مورفیسم rs53576………………………………………. 32

 

 

 

فهرست علائم

 

علامتنشانه

SZ اسکیزوفرنی