1-2-3- کلمات و اصطلاحات کاربردی در MLVA 24

1-3-3- مزایای MLVA نسبت به سایر روش های ژنوتایپنگ 26

1-4- اهداف پایان نامه 31

1-4-1- هدف علمی پایان نامه 31

1-4-2- اهداف جزئی 31

1-4-3- اهداف کاربردی 31

1-5- فرضیه ها 31

1-6- سئوالات 31

1-7- ضرورت انجام تحقیق 32

1-8- جنبه جدید بودن و نوآوری تحقیق 32

1-9- واژه نامه ها و اصطلاحات فنی 32

فصل دوم مروری بر ادبیات تحقیق و پیشینه تحقیق 34

بررسی متون: 35

فصل سوم :مواد وروشها 39

3-1-مواد و تجهیزات 40

3-1-1-دستگاه ها ووسایل مورد نیاز: 40

3-1-2-مواد مصرفی مورد نیاز: 41

3-1-3- محیطهای کشت مورد استفاده: 41

3-2-ترکیبات و محلولهای مورد نیاز و فرمول ساخت آنها 42

3-2-1-تهیه محلول(%25) SDS: 42

3-2-2- محلول EDTA(5/0 مولار): 42

3-2-3-تامپون لیز کننده سلول 42

3-2-4- تامپون TE حاوی RNase 42

3-2-5- بافر(5X)TBE: 42

3-2-7- محلول فنل-کلروفروم-ایزو آمیلیک الکل(PCI): 43

3-3- روش انجام طرح: 44

3-3-1- نوع مطالعه: 44

3-3-2-جامعه مورد مطالعه: 44

3-3-3- جمع آوری اطلاعات: 44

3-3-4- انجام امور باکتریولوژیک: 44

3-4- ژنوتایپینگ ایزوله های سالمونلا با استفاده از روش MLVA 46

3-4-1- انجام آزمایش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR 46

3-4-2- الکتروفورز محصولات VNTR 50

3-4-3- محاسبه ی اندازه و تعداد تکرار های VNTR 52

3-4-4-تجزیه و تحلیل داده های VNTR 52

فصل چهارم یافته ها 54

4-1- نمتایج حاصل از جمع آوری نمونه ها 55

4-2- نتایچ حاصل از استخراج ژنوم باکتریایی 57

4-3- نتایج حاصل از واکنش PCR جهت تکثیر لوکوس های VNTR 58

4-4- میزان تنوع الل های VNTR 74

4-5- آنالیز داده ها با استفاده از الگوریتم Minimum Spanning Tree 74

4-6- آنالیز داده های VNTR با استفاده از روش NJ 75

فصل پنجم :بحث ونتیجه گیری 77

5-1- بحث 78

5-2- نتیجه گیری و جمع بندی 91

منابع: 92

چکیده انگلسی 96

فهرست جداول و نمودارها

عنوان صفحه

جدول1-1، ویژگی های بیو شیمیایی سالمونلا 8

جدول 1-2، طبقه بندی نوین سالمونلا و میزان سروتایپ ها در زیر گونه ها 9

جدول 3-1، نام لوکوس ها و پرایمر های اختصاصی 47

جدول 3-2،مقادیرموردنیازجهت انجام واکنش هایPCRبرای تکثیرلوکوس­هایVNTR 48

جدول 3-3، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس های SENTR2،

SENTR3 و SE-7 49

جدول3-4،برنامه ریزی دستگاه­ترموسایکلرجهت تکثیرلوکوس­هایENTR6وSE-8 49

جدول 3-5، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر برای تکثیر لوکوس SE-4 49

جدول 3-6، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس SE-10 50

جدول 3-7، برنامه ریزی دستگاه ترموسایکلر جهت تکثیر لوکوس SE-6 50

جدول 4-1، در فایل EXCEL 73

جدول 4-2، ضریب تنوع هانتر- گاتسون برای هر لوکوس محاسبه شده 74

نمودار 4-1، میزان فراوانی هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر 56

نمودار 4-2، میزان شیوع هر یک از سرو تایپ های سالمونلا در پژوهش حاضر 56

فهرست اشکال

عنوان صفحه

شکل 1-1 تصویر دکتر سالمون دامپزشک آمریکایی. 5

شکل1-2 باکتری سالمونلا 6

شکل 1-4مای شماتیک از VNTR ها 23

شکل 1-5 پروفایل اللی 24

شکل 1-6 آنالیز MLVA بوسیله MST 25

شکل 1-7، مزایای MLVA 26

شکل 1-8، مراحل انجام MLVA 27

شکل 4-1، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 53 57

شکل 4-2، میزان خلوص DNA نمونه ی شماره ی 24 57

شکل 4-3، لوکوس ENTR6 58

شکل 4-4، لوکوس SE4 59

شکل 4-5، لوکوس SE4 60

شکل 4-6، لوکوسSE6 61

شکل 4-7، لوکوس SE6 62

شکل 4-8، لوکوسSE7 63

شکل 4-9، لوکوسSE7 64

شکل 4-10، لوکوسSE8 65

شکل 4-11، لوکوسSE8 66

شکل 4-12، لوکوسSE10 67

شکل 4-13، لوکوسSE10 68

شکل 4-14، لوکوسSENTR2 69

شکل 4-15، لوکوسSENTR2 70

شکل 4-16، لوکوسSENTR3 71

شکل 4-17، لوکوسSENTR3 72

شکل 4-18، آنالیز داده های VNTR با استفاده از الگوریتم MST. 75

شکل 4-22، درختچه ی NJ 76

 

چکیده فارسی :

مقدمه:سالمونلاانتریکا سبب ایجاد سالمونلوزیس در انسان می شود.سالمونلاانتریکا سرووار انتریتیدیس، دومین سروتایپی می باشد که در سطح دنیا سبب ایجاد سالمونلوزیس می شود. تکنیک MLVA، یکی از روش های نوین ژنوتایپینگ جهت تمایز ایزوله های باکتریایی در همه گیری ها و یا تعیین قرابت فیلوژنتیکی این ایزوله ها می باشد. هدف از این پژوهش، ژنوتایپینگ سویه های سالمونلا انتریتیدیس جدا شده از نمونه های بالینی در تهران بر پایه ی روش MLVA.

مواد و روش ها:در این پژوهش، 51 ایزوله ی سالمونلا انتریکا سرووار انتریتیدیس از نمونه های بالینی در طی سال های 1387 تا 1389 در تهران جدا شدند. ایزوله های سالمونلا انتریتیدیس با استفاده از تکنیک های بیوشیمیایی و سرولوژیکی تایید شدند. جهت انجام تکنیک MLVA، از هشت لوکوس VNTR استفاده شد.

نتایج:10 ژنوتایپ متفاوت MLVA، در این پزوهش شناسایی شد. با استفاده از روش MST، 51 ایزوله یسالمونلاانتریتیدیس در 2 کلونال کمپلکس قرار گرفتند. همچنین با استفاده از تکنیک NJ، این ایزوله ها در دو کلاستر جای گرفتند.

بحث و نتیجه گیری:نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که تکنیک MLVA، یک روش قدرتمند و آسان می باشد و می توان از این تکنیک در اپیدمی ها ی ناشی ازسالمونلاانتریتیدیس استفاده نمود.