1-8-1: روش کشت… 18
1-8-2: روش آگلوتیناسیون لاتکس (LAT). 19
1-8-3: روش مولکولی.. 19
1-9: ژنوم هموفیلوس آنفلونزا: 19
1-9-1: ژنوم مولد کپسول پلی ساکاریدی.. 21
1-9-1-1: منطقه I. 22
1-9-1-3: منطقه II. 22
1-9-1-2: منطقه III. 22
1-9-1-4: قطعه IS1016 23
1-9-1-5: تعداد کپی جایگاه cap. 24
1-9-1-6: تکامل ژنوم سویه های کپسول دار هموفیلوس آنفلونزا 25
1-9-1-7: ژنوتیپ های Hib.. 27
1-10: روش های تعیین تعداد کپی جایگاه cap در ژنوم هموفیلوس آنفلونزا: 28
1-11: Real-time PCR.. 28
1-11-1: تعریف و مفهوم : 28
1-11-2: مزایای روش Real-time PCR: 29
1-11-3: انواع روش های Real-time PCR: 29
1-11-4: روش های تعیین کمیت با Real-time PCR: 32
1-11-4-1: Absolute Quantification : 32
1-11-4-2: چگونگی رسم یک منحنی استاندارد: 32
1-11-4-3: Relative Quantification.. 33
1-11-5: کاربرد های Real-time PCR: 34
1-12: بیان مساله. 34
1-13: ضرورت انجام تحقیق.. 35
1-14: اهداف پژوهش…. 36
فصل دوم: مروری بر متون گذشته
2-1: مطالعات انجام شده در ایران. 38
2-2: مطالعات انجام شده در خارج از ایران. 39
فصل سوم: مواد و روش ها
3-1: محیط های کشت… 43
3-1-1: محیط کشت شکلات آگار. 43
3-1-1-1: مواد و تجهیزات مورد نیاز. 43
3-1-1-2: روش تهیه 1000 میلی لیتر محیط کشت شکلات آگار. 43
3-1-2: محیط کشت آگار خون دار. 44
3-1-2-1: روش تهیه 1000 میلی لیتر محیط کشت شکلات آگار. 44
3-1-3: محیط کشت BHI+ supplement مایع.. 44
3-1-3-1: مواد و دستگاه های مورد نیاز. 44
3-1-3-2: روش تهیه 500 میلی لیتر محیط کشت BHI+ supplemenمایع.. 44
3-2: کشت نمونه ها 45
3-3: فریز کردن باکتری.. 45
3-3-1: مواد و تجهیزات لازم. 45
3-3-2: روش فریز کردن. 45
3-4: شناسایی عمومی هموفیلوس آنفلونزا 46
3-4-1: تست نیاز های غذایی.. 46
3-4-2: رنگ آمیزی گرم. 46
3-4-2-1: مواد و تجهیزات لازم. 46
3-4-2-2: روش رنگ آمیزی گرم. 46
3-5: واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR). 47
3-5-1: استخراج DNA از باکتری به روش جوشاندن. 47
3-5-1-1: مواد و تجهیزات لازم. 47
3-5-1-2: روش استخراج.. 48
3-5-2: پرایمرها 48
3-5-2-1: آماده سازی پرایمرها 49
3-5-3: برنامه PCR.. 49
3-5-4: تهیه مستر میکس PCR.. 50
3-5-4-1: مواد و تجهیزات لازم. 50
3-5-4-2: روش تهیه مسترمیکس…. 50
3-5-5: تهیه 500 میلی لیتر بافر TAE 10X.. 53
3-5-5-1: مواد و تجهیزات لازم. 53
3-5-5-2: روش تهیه بافر. 53
3-5-6: الکتروفورز محصول PCR.. 53
3-5-6-1: مواد و تجهیزات مورد نیاز. 53
3-5-6-2: تهیه ژل آگارز جهت الکتروفوز. 53
3-5-6-3: روش الکتروفورز محصول PCR.. 54
3-6: استخراج PRP. 54
3-6-1: مواد و تجهیزات مورد نیاز. 54
3-6-2: تهیه ml50 محلول CTAB 0.5 M… 54
3-6-3: تهیه ml 50 محلول NaCl 0.4 M… 55
3-6-4: روش استخراج PRP. 55
3-7: اندازه گیری PRP به روش بیال. 56
3-7-1: مواد و تجهیزات لازم. 56
3-7-2: روش اندازه گیری PRP. 56
3-8:تعیین تعداد کپی cap با استفاده از Real-time PCR: 57
3-8-1: مواد و تجهیزات لازم: 57
3-8-2: شرایط واکنش: 57
3-8-3: کمیت سنجی مطلق(Absolute quantification): 59
3-8-3-1: انجام و تخلیص محصول PCR برای منحنی استاندارد. 59
3-8-3-2: تهیه منحنی استاندارد. 60
3-8-4: کمیت سنجی نسبی (Relative Quantification): 62
3-9: تعیین ژنوتیپ نمونه ها با استفاده از PCR : 62
فصل چهارم: نتایج
4-1: نتایج روش های تشخیص عمومی.. 65
4-1-1: نتایج نیاز غذایی.. 65
4-1-2: نتایج رنگ آمیزی گرم. 65
4-2: نتایج آزمون PCR.. 66
4-2-1: تایید هموفیلوس آنفلونزای کپسول دار بودن نمونه ها 66
4-2-2: تایید تیپ b بودن نمونه ها 68
4-2-3: نتیجه نهایی PCR.. 69
4-2-4: مشاهده سوش جهش یافته Hib‾ در میان نمونه ها 72
4-3: نتایج سنجش PRP به روش بیال. 72
4-4: نتایج Real-time PCR.. 73
4-4-1: کمیت سنجی نسبی: 74
4-4-2: کمیت سنجی مطلق: 77
4-5: نتایج تعیین ژنوتیپ: 82
فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری
5-1: بحث و نتیجه گیری.. 84
5-3: پیشنهادات… 87
منابع …89
خلاصه انگلیسی.. 98
فهرست جداول
جدول 1-1: نیاز گونه های مختلف هموفیلوس به فاکتورهای مختلف به فاکتورهای X و V 7
جدول 1-2: بیوتایپ های هموفیلوس آنفلونزا 8
جدول 3-1: لیست پرایمرها برای تایید Hib.. 48
جدول 3-2: برنامه PCR.. 50
جدول 3-3: مواد PCR.. 52
جدول3-4: پرایمرهای اولیگونوکلئوتیدی استفاده شده برای Real time PCR.. 58
جدول3-5: مواد واکنش برای Real-time PCR.. 61
جدول3-6 : برنامه واکنش Real-time PCR.. 61
جدول 3-7: پرایمر های مورد استفاده برای تعیین ژنوتیپ نمونه های منتخب… 63
جدول 3-8: برنامه دمایی واکنش PCR برای پرایمرهای K و L.. 63
جدول 4-1: لیست نمونه ها و نتایج PCR.. 70
جدول 4-2: میزان PRP نمونه های هموفیلوس آنفلونزا تیپ b.. 73
جدول 4-3 : نمونه های منتخب و میزان PRP. 74
جدول4-4: کمیت سنجی نسبی ژن rpoB و قطعه IS106 توسط Real-time PCR.. 75
جدول4-5: کمیت سنجی نسبی ژن rpoB و ژن capb توسط Real-time PCR.. 75
جدول4-6: نتایج مربوط به منحنی استاندارد جایگاه rpoB.. 78
جدول 4-7: نتایج مربوط به منحنی استاندارد جایگاه capB.. 78
جدول 4-8: نتایج مربوط به منحنی استاندارد جایگاه IS1016. 78
جدول4-9: نتایج کمیت سنجی مطلق (تعداد کپی) جایگاه های rpoB, IS1016 و capB 79
جدول 4-10 : تعداد کپی جایگاه های capb و IS1016 نسبت به جایگاه تک کپی rpoB 80
فهرست تصاویر
شکل1-1: انتشار باسیل های گرم منفی، هموفیلوس و سایر باکتریهای نرمال و سخت رشد. 5
شکل 1-2: تست نوارهای X ، V و XV.. 7
شکل 1-3: ساختار پلی ساکارید های کپسولی هموفیلوس آنفلونزا (تیپ های a-f). 10
شکل 1-4: تظاهرات کلینیکی بیماریهای با عامل Hib بصورت درصد. 14
شکل 1-5: کشورهایی که از سال 1997 تا 2012 به برنامه واکسیناسیون علیه Hib پیوستن 18
شکل 1-6: نقشه ژنتیکی حلقوی Haemophilus influenza Rd.. 20
شکل 1-7: ساختار ژنتیکی جایگاه cap در هموفیلوس آنفلونزا سروتایپ های a,b,c,d,e,f. 21
شکل 1-8: جایگاه cap و ژن های تشکیل دهنده 24
شکل 1-9 : درخت تکاملی سویه های کپسول دار هموفیلوس آنفلونزا 26
شکل1-10 : تفاوت های بین ژنوتیپ I و II در جایگاه cap. 28
شکل 1-11: نحوه اتصال نشانگر سایبرگرین.. 30
شکل1-12: مکانیسم عمل SYBR Green به عنوان عامل متصل شونده به DNA.. 31
شکل1-13: رسم منحنی استاندارد. 33
شکل 3-1: ویال های آماده برای PCR روی یخ.. 52
شکل 4-1: رشد باکتری در حضور دیسک XV و عدم رشد در حضور دیسک X و V.. 65
شکل 4-2: رنگ آمیزی گرم نمونه ها نشان دهنده کوکوباسیل های گرم منفی.. 66
شکل 4-3: نتایج PCR برای ست پرایمر A و B 67
[چهارشنبه 1399-10-17] [ 12:58:00 ق.ظ ]
|