پایان نامه دکتری دامپزشکی: شناسایی اینتگرونهای کلاس 1 و 2 در جدایههای اشریشیاکلای طیور گوشتی … |
ها…………………………………………………………………………………………… 9
4-2-2- استفاده از آنتی بیوتیک در حیوانات مولد غذا ………………………………………………………… 10
1-4-2-2-مصرف آنتی بیوتیک ها در طیور………………………………………………………………………………. 12
5-2-2- منشاء مقاومت به آنتی بیوتیک………………………………………………………………………………….. 15
6-2-2- مکانیسم های مقاومت به آنتی بیوتیک…………………………………………………………………….. 15
1-6-2-2- تغییر یا جایگزینی اهداف دارو……………………………………………………………………………… 16
2-6-2-2-غیرفعالسازی آنزیمی دارو……………………………………………………………………………………….. 16
عنوان صفحه
3-6-2-2- پمپ های خارج كننده دارو از سلول……………………………………………………………………… 17
4-6-2-2- کاهش جذب دارو………………………………………………………………………………………………….. 17
5-6-2-2- حفاظت از هدف…………………………………………………………………………………………………….. 18
6-6-2-2- بدام انداختن دارو………………………………………………………………………………………………….. 18
7-2-2- انتشار مقاومت به آنتی بیوتیک………………………………………………………………………………….. 19
1-7-2-2- وراثت عمودی………………………………………………………………………………………………………… 19
2-7-2-2- انتقال افقی……………………………………………………………………………………………………………… 20
8-2-2- مکانیسم های دخیل در انتقال افقی…………………………………………………………………………… 20
9-2-2- عناصر دخیل در انتقال افقی ژن های مقاومت…………………………………………………………. 21
1-9-2-2- پلاسمید ها………………………………………………………………………………………………………………. 21
2-9-2-2- ترانسپوزونها…………………………………………………………………………………………………………….. 22
3-9-2-2- اینتگرون ها……………………………………………………………………………………………………………… 23
10-2- ساختار و ویژگی های اینتگرون ها…………………………………………………………………………………. 23
1-10-2- کلاس 1 اینتگرون ها ………………………………………………………………………………………………. 24
2-10-2- کلاس 2 اینتگرون ها………………………………………………………………………………………………. 26
3-10-2- کلاس 3 اینتگرون ها……………………………………………………………………………………………….. 27
4-10-2- سوپر اینتگرون های کروموزومی یا کلاس4…………………………………………………………… 27
11-2-کاست ژنی………………………………………………………………………………………………………………………. 28
1-11-2- تعریف……………………………………………………………………………………………………………………….. 28
2-11-2- انتقال کاست های ژنی………………………………………………………………………………………………. 29
12-2- اپیدمیولوژی اینتگرون ها و بر شناسایی اینتگرون ها در ماکیان…………………….. 32
………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….
عنوان صفحه
فصل سوم: مواد و روش کار
1-3- مواد و وسایل مورد نیاز……………………………………………………………………………………………………. 34
2-3- روش کار…………………………………………………………………………………………………………………………… 35
1-2-3- نمونه گیری…………………………………………………………………………………………………………………. 35
2-2-3- آزمون های تاییدی……………………………………………………………………………………………………… 36
3-2-3- آنتی بیوتیک های مورد استفاده برای آنتی بیوگرام …………………………………………………… 39
4-2-3- آزمون حساسیت آنتی بیوتیکی…………………………………………………………………………………. 40
5-2-3- روش ساخت نیم مک فارلند……………………………………………………………………………………… 41
6-2-3- نکات مورد توجه در انجام آزمایش آنتی بیوگرام……………………………………………………… 42
7-2-3- نکات مورد توجه در اندازه گیری قطر هاله و خواندن نتایج آزمایش آنتی بیوگرام. 43
8-2-3- بررسی حضور مقاومت های چند گانه……………………………………………………………………….. 43
9-2-3- استخراج DNA جهت انجام آزمایشهای مولکولی …………………………………………………… 44
10-2-3- انجام واکنش های زنجیره ای پلیمراز…………………………………………………………………….. 50
11-2-3- انجام واکنش PCR برای شناسایی ژن های اینتگراز 1 و 2……………………………….. 52
12-2-3- الکتروفورز روی ژل آگارز…………………………………………………………………………………………. 53
13-2-3- شناسایی کاست ژنی اینتگرون……………………………………………………………………………….. 54
14-2-3- انجام واکنش PCR برای شناسایی کاست های ژنی اینتگرون کلاس 1……………… 55
15-2-3- تعیین ترادف محصولات………………………………………………………………………………………….. 56
16-2-3- آزمون آماری…………………………………………………………………………………………………………….. 56
فصل چهارم: نتایج
1-4 نتایج جستجوی اینتگرونهای کلاس 1 و 2…………………………………………………………………….. 57
2-4 نتایج بررسی کاست ژنی کلاس 1 اینتگرون ها……………………………………………………………….. 63
3-4 نتایج تعیین توالی کاست ژنی کلاس 1 اینتگرون ها………………………………………………………. 65
عنوان صفحه
فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………… 67
فهرست منابع……………………………………………………………………………………………………………………………. 75
پیوست………………………………………………………………………………………………………………………………………. 89
فهرست جداول
عنوان صفحه
جدول1-1: طبقه بندی آنتی بیوتیک ها بر اساس مکانیسم اثر ………………………………………………. 10
جدول 1-3: دستگاهها وسائل آزمایشگاهی مورد استفاده……………………………………………………….. 34
جدول 2-3: مواد شیمیایی مورد استفاده…………………………………………………………………………………. 35
جدول 3-3: آنتی بیوتیک های استفاده شده برای آنتی بیوگرام……………………………………………….. 39
جدول4-3: دیسک های آنتی بیوتیک استفاده شده، مقادیر ماده موثره آن ها
و تفسیر نتایج آزمایش حساسیت آنتی بیوتیکی ………………………………………………………………………. 41
جدول 5-3: خصوصیات روش آزمایش آنتی بیوگرام (دیسک دیفیوژن)
بر اساس معیارهای CLSI (NCCLS)…………………………………………………………………………………… 42
جدول 6-3: اطلاعات نمونه های کارشده ، گرفته شده از مزارع گوشتی
شهرستان شیراز…………………………………………………………………………………………………………………………. 45
جدول 7-3: برنامه چرخه حرارتی PCR برای شناسایی ژن های اینتگراز 1 واینتگراز 2…… 50
جدول 8-3: برنامه چرخه حرارتی PCR برای شناسایی کاست ژنی اینتگرون کلاس1 …… 50
جدول9-3: مشخصات مربوط به پرایمرهای مورد استفاده برای شناسایی ژن های
اینتگراز 1 و اینتگراز 2……………………………………………………………………………………………………………… 51
جدول10-3: مشخصات مربوط به پرایمرهای مورد استفاده برای شناسایی کاست ژنی
اینتگرون کلاس 1………………………………………………………………………………………………………………………. 51
جدول11-3: غلظت استوک مواد اولیه مورد استفاده در واکنش زنجیرهای پلیمراز…………….. 51
جدول 12-3: ساخت محلول کار آماده جهت انجام Multiplex PCR برای شناسایی
ژنهای اینتگراز…………………………………………………………………………………………………………………………….. 52
عنوان صفحه
جدول 13-3: تهیه بافر TAE 50 بار………………………………………………………………………………………. 53
جدول14-3: ساخت محلول کار آماده جهت انجام PCR برای شناسایی کاست ژنی
کلاس1 اینتگرون………………………………………………………………………………………………………………………. 55
جدول 1-4: مقاومت های چندگانه آنتی بیوتیکی در جدایه های اشریشیا کولی
بدست آمده از مراحل مختلف نمونه گیری در گله های گوشتی اطراف شیراز…………………….. 58
جدول 2-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز1 در جدایه هایE. coli
جداشده در سه مرحله مختلف از جوجه های گوشتی……………………………………………………………. 59
جدول 3-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز2 در جدایه هایE. coli
جداشده در سه مرحله مختلف از جوجه های گوشتی……………………………………………………………. 60
جدول 4-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی حضور همزمان ژنهای اینتگراز 1 و 2
در جدایه هایE. coliجداشده در سه مرحله مختلف از جوجه های گوشتی……………………. 61
جدول 5-4: تعداد (درصد) موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز1 و ژن اینتگراز2 و حضور
همزمان هر دو ژن اینتگراز در تمام جدایه هایE. coliمورد بررسی در این مطالعه…………. 62
جدول 6-4: کد نمونه، طول کاست ژنی و ژنهای موجود در کاست ژنی
کلاس 1 اینتگرون ها در محصولات PCR تعیین ترادف شده…………………………………………………. 66
فهرست تصاویر
عنوان صفحه
تصویر 1-1 مکانیزم های توسعه مقاومت به آنتی بیوتیک …………………………………………………… 19
تصویر 2-1 سه مکانیسم اصلی که توسط آن ژن های مقاومت آنتی بیوتیکی
به صورت افقی در میان باکتری ها منتقل می شوند ………………………………………………………………. 21
تصویر3-1) ساختمان کلی یک اینتگرون ………………………………………………………………………………… 24
تصویر4-1: ساختمان کلی کلاس1 اینتگرون ها ……………………………………………………………………… 25
تصویر 5-1: ساختار کلاس 1 اینتگرون یافت شده در Tn402……………………………………………….. 26
تصویر6-1: ساختار اینتگرون کلاس2 موجود در Tn7 …………………………………………………………… 26
تصویر7-1: ساختار اولین اینتگرون کلاس 3 از ژاپن …………………………………………………………….. 27
تصویر8-1: ساختار کاستها همراه اینتگرون ……………………………………………………………………………. 28
تصویر8-1:ساختار شماتیک کاست وارد شده به اینتگرون ……………………………………………………. 29
تصویر9-1: مکانیسم ورود و بیان کاست های ژنی توسط اینتگرون کلاس1 ……………………………………………………………………………………………………………………………………………………… 31
تصویر1-4: تصوی ژل الکتروفورز……………………………………………………………………………………………….. 63
تصویر 2-4: الگوی باند های محصولات PCR کاست ژنی کلاس 1 اینتگرون ها
با طول متفاوت پس از الکتروفورز روی ژل آگارز……………………………………………………………………… 64
تصویر 3-4: الگوی باند های محصولات PCR کاست ژنی کلاس 1 اینتگرون ها
با طول متفاوت پس از از الکتروفورز روی ژل آگارز………………………………………………………………….. 65
فهرست نمودارها
عنوان صفحه
نمودار1-4: درصد مقاومت های چندگانه آنتی بیوتیکی در جدایه های اشریشیا کولی
بدست آمده از مراحل مختلف نمونه گیری در گله های گوشتی اطراف شیراز……………………. 58
نمودار 2-4: نمودار درصد موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز 1 در جدایه هایE. coli
بدست آمده طی مراحل مختلف نمونه گیری در این مطالعه……………………………………………………. 59
نمودار 3-4: نمودار درصد موارد مثبت و منفی ژن اینتگراز 2 در جدایه هایE. coli
بدست آمده طی مراحل مختلف نمونه گیری در این مطالعه………………………………………………….. 60
فرم در حال بارگذاری ...
[چهارشنبه 1399-10-17] [ 08:11:00 ق.ظ ]
|