……………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 27

(3-10-1 پروتئین 3AB ……………………………………………………………………………………………………………………………………………… 27.

(4-10-1 پروتئین فرعی سلول ……………………………………………………………………………………………………………………………………….. 28.

(5-10-1 پروتئین متصل کننده پرایمر برای سنتز RNA …………………………………………………………………………………………….. 28.

(11-1 محل سنتز RNA در سلول ………………………………………………………………………………………………………………………………….. 29

(12-1 چگونگی تشخیص RNA ویروسی و سلولی از یکدیگر ……………………………………………………………………………………….. 31

(13-1 مرحله تجمع و تشکیل ذرات عفونی …………………………………………………………………………………………………………………….. 32

(14-1 پاراکوویروس …………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..33

(1-14-1 جداسازی و خصوصیات اولیه پاراکوویروس ………………………………………………………………………………………………………. 33

(2-14-1 پروتئین های پاراکوویروس ……………………………………………………………………………………………………………………………….. 34

(3-14-1 پردازش پروتئین در پاراکوویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………… 35

(4-14-1 توالی 5´-UTR در پاراکوویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………….. 36

(5-14-1 ارتباط ژنتیکی پاراکوویروس ها با پیکورنا ویروس های دیگر …………………………………………………………………………… 38

(6-14-1 تداخلات بین HPeV1-2 با سطح سلولهای حساس ………………………………………………………………………………………39

(7-14-1 عوارض کلینیکی و اپیدومیولوژی پاراکوویروس ها ……………………………………………………………………………………………. 41

(8-14-1 ویروس های مرتبط با پاراکوویروس ها در حیوانات …………………………………………………………………………………………. 41

جداول:

جدول 1) اعضای خانواده پیکورنا ویریده ………………………………………………………………………………………………………………………….. 4

جدول 2) گیرنده ها و کمک گیرنده های مورد استفاده در پیکورنا ویروس …………………………………………………………………… 19

جدول 3) میزان تشابه توالی اسیدهای آمینه بینHPEV-1 وHPEV-2 …………………………………………………………..43…….

جدول 4) تهیه محیط کشت………………………………………………………………………………………………………………………………………………..55

جدول 5) تهیه محلول های مورد نیاز برای استخراج پلاسمید…………………………………………………………………………………………….57

جدول 6) توالی و موقعیت پرایمرهای طراحی شده برای ناحیه5´ UTR ……………………………………………………………………….. 59

جدول 7) نتیجه مقایسه سکانس توالی های 5UTR با بانک ژنی به روش blast…………………………………………………………………. 65

جدول 8 )نتایج blast محصول PCR ………………………………………………………………………………………. …………………………………………….73

جدول 9- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت بر اساس PCR……………….76

جدول10 – فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت برحسب جنس….…………76

جدول11- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت برحسب سن..…….…………76

جدول 12- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت برحسب فصل…..………….76

نمودار:

نمودار1- فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت بر اساس PCR………..…….77

نمودار-2 فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت برحسب جنس………………77

نمودار-3 فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت برحسب سن……..………..78.

نمودار4 – فراوانی نمونه های مثبت پاراکوویروس های انسانی کودکان مبتلا به گاستروآنتریت برحسب فصل……..………78

اشکال:

شکل 1) نمای شماتیک کپسید ویروس ها ………………………………………………………………………………………………………………………. 9…..

شکل 2) دیاگرام شماتیک 8 زنجیره β ………………………………………………….. ……………………………………………………. 11

شکل 3) مدلی از پولیوویروس تیپ 1 .………………………………………………………………………. ………………………… 11

شکل 4) تداخلات میریستات با پروتئین های سطح ویروس …………………………………………………………………………………………….. 13

شکل 5) تصویر شماتیک ژنوم پیکورنا ویروس ها ……………………………………………………………………………………………………………….. 13

شکل 6) دو تیپ اصلی از IRES در پیکورنا ویروس ها ……………………………………………………………………………………………………… 15

شکل 7) چرخه تکثیر پیکورناویروس …………………………………………………………………………………………………………………………………… 17

شکل 8) تصویر شماتیکی از Canyon …………………………………………………………………… …… …………………….20

شکل 9) شکاف Canyon و نحوه قرار گرفتن دارو در VP₁……………………………………………………………………………………………… 20

شکل 10) مدل دخول پیکورنا ویروسها به درون سلول ………………………………………………………………………………………………………. 22

شکل 11) مکانیسم فرضی برای عبور RNA پیکورنا ویروس ها از عرض غشا ……………………………………………………………….. 22

شکل 12) تصویر سه بعدی از 3C^proویروس هپاتیت A ، 2A^proرینو ویروس و FMDV L^pro…………………………… 25…..

شکل 13) نحوه اتصال vpg به ابتدای ژنوم پیکورنا ویروسها، محل کلیواژ vpg………………………………………………………….. 29……

شکل 14) سنتز RNA و ترجمه پروتئین …………………………………………………………………… ………………………………………………….. 30

شکل 15) مدل سنتز ssRNA پولوویروس ……………………………………………………………………………………………………………………… 31

شکل 16) مراحل ساخته شدن واحدهای ساختمانی و عملکرد 3CD^proدر این مرحله ……………………………………………….. 32

شکل 17) مراحل مرفوژنز پیکورنا ویرس ها ……………………………………………………………………………………………………………………… 33

شکل 18) کلیواژ اولیه پروتئین پیکورنا ویروس ها …………………………………………………………………………………………………………… 36

شکل 19) دیاگرام شماتیک ساختار ثانویه ………………………………………………………………………………………………………………………… 37

شکل 20) دندروگرافی براساس پروتئین VP₃در پیکورنا ویروس ها ……………………………………………………………………………… 38

شکل 21) مقایسه توالی اسید آمینه ای در انتهای کربوسیلی از VP₁در بین پاراکوویروس ها و CAV ………………………. 39.

شکل 22) نتایج Plaque assay پاراکوویروس انسانی تیپ 1 ……………………………………………………………………………………….. 40

شکل 23) ارتباط فیلوژنیک بین پاراکوویروس ها و ایزوله های تازه جداشده از ویروس L jungan درحیوانات……………..42

فصل اول

کلیات………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….44

• بیان مساله…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..45

(2-1 فرضیه……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………46 (3-1اهداف تحقیق…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….. 47

1-4)ضرورت انجام تحقیق………………………………………………………………………………………………………………………………………………………47

فصل دوم

مروری بر متون گذشته………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….48

فصل سوم

مواد و روش ها…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….51

(1-3آماده سازی میكروتیوب و سرسمپلرها…………………………………………………………………………………………………………………………52

(2-3 مواد لازم برای تهیه سوسپانسیون ……………………………………………………………………………………………………………………………..52

(3-3 جداسازی RNA و ساخت cDNA…………………………………………………………………………………………………………………………….53

(4-3سنتز cDNA…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………54

3-5) Compatent……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….55

3-6) ترا نسفورم………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………56

Mini prep protocol ( 7-3 (استخراج پلاسمید)……………………………………………………………………………………………………………58

PCR (8-3……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..58

(9-3 روش تهیه ژل آگارز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………60

(10-3 روش آماده سازی مارکر 1kb……………………………………………………………………………………………………………………………………60

11-3)تکنیک الکتروفورز………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..61

(12-3تهیه بافر الكتروفورز 1x………………………………………………………………………………………………………………………………………………61

(13-3روش استخراج DNA از ژل …………………………………………………………………………………………………………………………………….61

فصل چهارم

نتایج…………………………………………………………………………………………………………………………………………………….63

مقایسه blast برخی توالی های مثبت با توالی موجود در بانک ژنی…………………………………………………………………………………..66

فصل پنجم

بحث و نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………………………………………………………..79

بحث………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….80

نتیجه گیری………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………84

توصیه ها و پیشنهادات……………………………………………………………………………………………………………………………………………..85